皮卡丘哭泣的场景主要出现在《宠物小精灵：结晶塔的帝王》这部剧场版动画中。该剧场版于2008年7月19日在日本上映，是《宠物小精灵》系列电影的第11部作品。

在这一部剧场版中，主角小智和皮卡丘一行人与神秘少女莉塔一起展开了一场惊心动魄的冒险。他们发现了一个古老的传说——如果结晶塔被破坏，整个世界就会陷入危机。为了阻止灾难的发生，他们必须找到并保护这座塔。在这个过程中，皮卡丘因为遇到了一个受伤的小精灵而感到非常难过，甚至流下了眼泪。这个场景不仅展现了皮卡丘温柔善良的性格，也增加了故事的情感深度，让观众更加投入到故事情节之中。

《宠物小精灵：结晶塔的帝王》不仅有紧张刺激的情节，还有温馨感人的瞬间，特别是皮卡丘哭泣的场景，成为了许多粉丝心中难以忘怀的经典片段。这部电影不仅让小朋友们享受到了冒险的乐趣，也让大人们感受到了友情与勇气的力量。